公司制定规章制度罚款是否合法要视情况而定：
1、劳动者如存在肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，企业和雇主维护自身合法权益制定，合乎情理的考勤扣款是被允许的，而一些用人单位超出员工正常日薪的罚款肯定是不合法的；
2、用人单位为避免员工请假，规定请假期间扣除员工正常工资以上甚至三倍的工资，是违法的；
3、怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，检查期间的工时应按出勤对待，不能按病假、事假、旷工处理。如果用人单位因女职工请假去产前检查而罚款，那么就属于违法行为；
4、一些单位借公益募捐活动名义，扣除员工工资进行捐款，这样的行为也是违法的，公益捐款应由职工自行决定，任何用人单位都不得强行扣除职工的工资。所以，但凡是有强迫性质的要求捐款都是违法行为，员工有权利拒绝；
5、一些用人单位为避免员工辞职，而故意拖欠和克扣员工工资的行为属于违法；
6、工资是用人单位使用劳动者的劳动力所必须支付的报酬。用人单位即使经营亏损甚至破产，也必须支付劳动者的工资。所以，用人单位以员工未达标克扣工资也是违法的；
7、劳动者因个人工作失职等造成公司损失的，公司可根据经济损失的具体数额，月扣除劳动者部分工资，但不得超过劳动者当月工资的百分之二十，如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
公司制定规章制度的规定：
1、用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息时间、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定；
2、在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
综上所述，公司制定规章制度罚款是否合法要视情况而定，用人单位为避免员工请假，规定请假期间扣除员工正常工资以上甚至三倍的工资，是违法的；如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
